Se me presento un problema al realizar el Merge de dos tablas, pues llegaba un momento en el cual los nuevos datos que queria agregar a la tabla principal, de la tabla nueva, me duplicaba las columnas. Esto me complicaba luego cuando queria trabajar con los datos de la tabla, pues al tener columnas duplicadas ya se imaginaran que sucederia.
La solución fue especificarle los siguientes parámetros:
dtPrincipal.Merge(dtSecundaria,true,MissingSchemaAction.Ignore);
dtPrincipal = DataTable principal donde estamos almacenando la información.
dtSecundaria = DataTable secundaria donde tenemos los datos
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